东京、大阪、京都相继苍莽杀人事件，5名死者皆是被头摘面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入看法，发明死者都是出没于3天专门偷窃忠诚的佛像及美术品的偷匪投靠“源氏萤”成员。该投靠共有成员8名，以义经的家臣名字互相当呼，且都持有一本《义经记》，被害5人中的《义经记》均被拿走。　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均关于画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾关于与新一不相纲领的大阪高中生服部平主接待有加，服部也来到京都关于案件秘密展开看法，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手看法时，发明有人想置服部于死天，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。